修改Prometheus配置并通过Prometheus Operator在Kubernetes上生效，不能直接通过编辑secret来完成，因为Operator是基于CRDs（自定义资源定义）来管理Prometheus实例及其配置的。你需要通过更新Prometheus的CR（Custom Resource）来改变配置。以下是正确的步骤：
1. 获取当前Prometheus实例的CR定义
首先，你需要获取当前Prometheus实例的CR定义。如果你使用的是Prometheus Operator，并且你的Prometheus实例名字是默认的（比如由operator自动创建的），那么它可能是prometheus-k8s。你可以通过以下命令查看它的定义：
kubectl get prometheus prometheus-k8s -n monitoring -o yaml > prometheus-k8s.yaml
2. 编辑Prometheus CR定义
打开你刚刚下载的prometheus-k8s.yaml文件，找到配置相关的部分进行修改。通常这部分看起来像这样：
spec:
...
ruleSelector: {} # 如果有规则配置的话
serviceMonitorSelector: {} # 服务监控选择器
podMonitorSelector: {} # 如果使用PodMonitor的话
...
additionalScrapeConfigs: | # 这里可以添加额外的抓取配置
# 这里粘贴你的base64解码后的yaml配置内容，但请确保格式正确，并符合Prometheus的配置规范
或者，如果你需要修改基础配置，可能需要通过修改spec.externalUrl, spec.storage等字段来实现。
3. 应用修改
保存修改后的YAML文件，然后使用kubectl apply命令将更改应用回集群：
kubectl apply -f prometheus-k8s.yaml -n monitoring
注意事项
- 不要直接编辑secret：Prometheus Operator会根据CR中的配置自动生成或更新对应的secret，因此手动编辑secret不仅可能导致操作被覆盖，也可能破坏Operator的管理逻辑。
- 验证更改：应用更改后，检查Prometheus Pod是否重新部署，以及新的配置是否被正确应用。可以通过检查Pod的log或新的secret内容来确认。
- 滚动更新：如果Prometheus Pod没有自动重启以应用新配置，可能需要触发一次滚动更新，具体方法取决于你的Operator版本和配置，有时简单地删除Pod即可触发自动重建（但需谨慎操作，确保高可用性不受影响）。
按照上述步骤，你应该能够成功修改Prometheus的配置，并使其在Kubernetes集群中通过Prometheus Operator生效。